Bilimsel Yayınlarda LaTeX ve R Kullanımı

Bilimsel yayın hazırlanırken veya bir yayıncıya gönderilirken genellikle Microsoft Word veya benzeri kelime işlemciler kullanılmaktadır. Word uygulamasının sağladığı en önemli avantaj, ne yazıyorsak anlık görmek ve ne yapmak istiyorsak sürükle bırak ile kolayca yapabilmektir. Bu avantajının yanı sıra bazen Word ve benzeri programlar özellikle bilimsel yayınlarda yazara zorluk çıkarabilir. Bunun nedeni, Word ile şekilsel düzenlemelerin standartlarının çok belirgin olmaması ve aynı doküman içerisinde farklı şekilsel kullanımlara imkan vermesi olarak söylenebilir. Örneğin Word’de aynı doküman içerisinde bir yerde tek satır aralıklı yazı bir yerde iki satır aralıklı yazı yazma ihtimali vardır. Bu tip durumlar sadece bilimsel yazılarda değil dilekçe yazmaktan bir mektup yazmaya kadar tüm yazılarda sorun teşkil edebilir. Bilimsel yayınlarda ise dergilerin sunduğu format düzgün şekilde uygulanmaz ise dergiden düzeltme almak söz konusu olabilir. Bu sorunun çözümü için alternatif bir yöntem, kelime işlemci olarak LaTeX kullanmaktır.

LaTeX ilk kullanımı Word’e göre daha uzun olan ancak kullanımını öğrendikten sonra kullanım avantajı sağlayan bir doküman yöneticisidir. Eğer öğrenmek için birkaç gün ayırırsanız ve uygulama yaparak yayınlarınızı LaTeX ile hazırlarsanız belki ilk çalışmalarınızda değil ama sonraki çalışmalarınızda faydasını mutlaka görürsünüz.

LaTeX kullanarak,

Gönderiniz bir dergide reddedildiğinde hızlıca LaTeX kullanan bir derginin formatına getirebilirsiniz. Bu Word üzerinde çok zaman alıcı bir süreç olabilir.

Yayıncının istediği şekilsel ve dizgi şartlarını daha kaliteli bir şekilde yerine getirebilirsiniz. Word’de bazen standart dışı durumlar ile karşılaşılabilir. Örneğin bir sayfada sayfa numarası sağ tarafta bir sayfada sol tarafta veya farklı font, font büyüklüğünde görülebilir.

Word kullanarak;

Eğer vaktiniz az ise yani hızlı bir şekilde yazıp dergiye yayınızı yüklemek istiyorsanız ve LaTeX bilmiyorsanız daha avantajlı hale gelebilirsiniz.

Eğer dergi sadece Word şablonu paylaştıysa, LaTeX şablonu ile ilgilenmektense Word kullanarak yayınınızı gönderebilirsiniz.

Gibi durumlardan bahsedebiliriz.

Bir Öneri

Aşağıdaki adımları takip ederek bir bilimsel yayının şekilsel şartlarını etkili şekilde halledebilirsiniz:

1. Taslak haldeki yazınızı Word üzerinde yazın.
2. Gönderi yapacağınız derginin LaTeX şablon dosyasını indirin.
3. Word içeriklerini;
4. Metinleri paragraf paragraf,
5. Şekilleri .png olarak dışarı aktararak veya .svg, .eps dosyası şeklinde alarak,
6. Tabloları şu adresteki tablo dönüştürücüyü kullanarak,
7. Denklemleri Word içerisinde Tümünü doğrusal denkleme çevirerek aşağıda gösterildiği gibi alarak,

nihai PDF dosyasına sahip olabilirsiniz.

Bu adımları özetleyecek olursak şunları söyleyebiliriz. Öncelikle taslak makale için Word kullanılabilir. Başlık, özet metni, yazarlar ya da tam metin haldeki çalışma öncelikle Word üzerinde yazılabilir. Tabii yazarken herhangi bir şekilde özelliğe dikkat edilmeden yazılır. Ardından gönderilecek derginin şablon dosyası indirilerek Word’deki içerikler LaTeX dosyasına dönüştürülebilir. Böylece tam metni hazırladığımız metni eğer ilk gönderdiğimiz dergi reddederse yine aynı LaTeX (.tex) dosyasını kullanarak diğer dergilere gönderebiliriz. Bunun için Elsevier, Springer gibi yayınevleri tüm dergilerinde ortak .tex şablonu kullanmaktadırlar. Bu sayede hızlı bir şekilde diğer dergiye gönderiyi yapabiliriz. Ya da elimizde makalenin LaTeX dosyası varsa çok küçük ayarlamalar ile Elsevier için hazırlanmış makaleyi Springer’e hızlıca uyarlayabiliriz. Word için benzer durum daha fazla zaman alabilir.

Bu yöntemin kullanılması için ilk LaTeX kullanımı ile ilgili aşağıdaki rehberi takip edebilirsiniz. LaTeX kurulumundan sonra R kodlarının LaTeX içerisinde nasıl kullanılacağı da belirtilmiştir.

LaTeX Kurulumu

LaTeX’i Windows ortamında kurmak için şu adresteki sayfaya giderek aşağıdaki kısımdan tam bir LaTeX kurulumu gerçekleştirebilirsiniz. Örneğin ben şu adresteki .iso dosyasını indirerek bir kurulum gerçekleştirdim. Bu dosya 3,7 GB boyutunda yani indirmesi ve kurulumu biraz uzun sürebilir.

CTAN: Package texlive

İndirdiğiniz dosyayı klasöre çıkardığınızda aşağıdaki gibi klasöre ulaşmış olursunuz.

Bu klasördeki install-tl-windows.bat dosyasını çalıştırdığınızda bilgisayarınıza LaTeX kurulmuş olur. Kurulum uzun sürebilir, yaklaşım 20 dakika civarı. Klasördeki install-tl-windows.bat dosyasını çalıştırdığınızda aşağıdaki pencere gelecektir.

Bu pencereden yükle butonu ile kuruluma başlayabilirsiniz. Ardından aşağıdaki pencerede görüldüğü gibi gerekli paketler bilgisayarınıza yüklenecektir.

Artık LaTeX dokümanı oluşturmak için hazırız!!!

Kurulumdan sonra Başlat menüsünden Tex Live programını açarak ilk LaTeX dokümanınızı oluşturabilirsiniz. İlk çalıştırmayı aşağıda gösterildiği gibi yapabilirsiniz. Artık LaTeX sistemine bilgisayarınızda sahipsiniz ve çalışmalarınız LaTeX ile hazırlayabilirsiniz. Kurulumun ardından Başlat menüsünden aşağıdaki gibi LaTeX editörünü açabilirsiniz.

Eğer kurulumu bu şekilde tamamlarsanız Texworks editor isimli uygulamayı ilk kez çalıştırdıktan sonra editöre aşağıdaki kodlar ile ilk yazınızı yazabilirsiniz.

\documentclass{article}
% dokümanın bir makale olduğunu söyledik.
\title{\textbf{Bilimsel Yayınlarda LaTeX kullanımı}}
% Makalenin üst bilgilerini girebiliriz.
\begin{document}
% dokümana başlama komutu
\maketitle
% Makale üst bilgilerinden başlık sayfası oluşturduk.
\section{Introduction}
% Birinci derece başlık tanımladık.
\subsection{Background}
% İkinci derece başlık tanımladık.
Makalenizin metnini yazmaya başlayabilirsiniz.
% Makalenin ilk cümlesini yazdık.
\begin{equation}
\sum_{k=1}^{n} \frac{1}{2^k}
\end{equation}
% Makaleye bir denklem ekledik.
\end{document}

Bu kodları çalıştır dediğimizde aşağıdaki gibi bir görüntü alırız. Sağ tarafta PDF halde makale görünmektedir.

R kodlarını LaTeX içerisinde gösterme

Eğer makalenin içerisinde kod yazılmasını istiyorsak öncelikle listings paketinin kurmak gerekmektedir. Aşağıda bir örnek kullanım gösterilmiştir. Örnek kullanım şu adresten alınmıştır.

\documentclass{article}
\usepackage[svgnames]{xcolor}

\usepackage{listings}
% R kodları için kullanılacak paket
\lstset{language=R,
    basicstyle=\small\ttfamily,
    stringstyle=\color{DarkGreen},
    otherkeywords={0,1,2,3,4,5,6,7,8,9},
    morekeywords={TRUE,FALSE},
    deletekeywords={data,frame,length,as,character},
    keywordstyle=\color{blue},
    commentstyle=\color{DarkGreen},
}
% girilecek listings'lerin R kodları olduğunu söyledik.
\title{\textbf{Bilimsel Yayınlarda LaTeX kullanımı}}
\begin{document}
\maketitle
\section{Introduction}
\subsection{Background}
Makalenizin metnini yazmaya başlayabilirsiniz.
\begin{equation}
\sum_{k=1}^{n} \frac{1}{2^k}
\end{equation}
\subsection{R Kodları}
\begin{lstlisting}[language=R]
fib <- function(n) {
  if (n < 2)
    n
  else
    fib(n - 1) + fib(n - 2)
}
fib(10) # => 55
\end{lstlisting}
\end{document}

Bu komutları da yazdıktan sonra artık R kodlarını direkt LaTeX üzerinde çalıştırabiliriz.

Aşağıdaki videoda yeni bir yayın hazırlarken kullandığım araçları paylaşmıştım.

https://youtu.be/jPjTQ9vrqvo

Faydalı olması dileğiyle.

Yazıyı ayrıca r-siz blog sayfasında da paylaştım.